София Шишкина начинала заниматься футболом в команде мальчиков посёлка Суна, затем в команде девочек посёлка Нема и в ДЮСШ «Динамо» (Киров). Выступала за сборную Кировской области. В 2017 стала игроком ЖФК «Звезда-2005». В этом же году дебютировала за молодежную сборную России.   В составе «Звезды-2005» София становилась Чемпионом России (2017), дважды обладателем Кубка России (2018, 2019) и дважды бронзовым призёром (2018, 2020). Также она бронзовый призёр Всемирной летней Универсиады.